Togakure Ryu Ninpo

Az 1100-as évek végén alapította Daisuke Nishima. A Bujinkanon belül az olyan fegyverei és ninjutsu technikái miatt híres, mint a Shuko, a Shinodake és a Shuriken.

Gyokko Ryu Kosshijutsu

Az 1100-as évek közepén alapította Tozawa Hakunsai. A Bujinkanban használt Taijutsu alapjai (Kihon Happo, Sanshin no Kata, and Muto Taihenjutsu) miatt híres.

Kukishinden Ryu Taijutsu

Az 1300-as évek közepén alapította Izumo Kaja Yoshiteru. A Bujinkanon belül a különbözõ fegyveres technikái miatt híres.

Shinden Fudo Ryu Dakentaijutsu

Az 1100-as évek elején alapította Izumo Kanja Yoshiteru Minamoto.  Ennek az iskolának a technikáit alacsony emberek nagyon effektíven tudják hasznosítani.

Gyokushin Ryu Ninpo

Az 1500-as évek közepén alapította Sasaki Goemon Teruyoshi. A nyugati világnak még csak nagyon kevés technikát ismertettek ebből az iskolából, mely valószínűleg információszerzéssel és egyéb kémkedési technikákkal foglalkozott.

Koto Ryu Koppojutsu

Az 1500-as évek közepén alapította Sakagami Taro Kunishige. A Bujinkanon belül a Koppojutsu (csonttörő technikák) és a különleges Biken (Kard) harci stílusa miatt híres.

Gikan Ryu Koppojutsu

Az 1500-as évek közepén alapította Uryu Hangan Gikanbo. A Bujinkanon belül a mély és nyitott Kamaek és a Koppojutsu miatt híres.

Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu

 Az 1600-as évek elején alapította Takagi Oriuemon Shigenobu. A Bujinkanon belül, mint "testõr" iskola ismert. Hires a gyors és hatásos jutaijutsu technikái és a Daishosabaki miatt.

Kumogakure Ryu Ninpo

Az 1500-as évek közepén alapította Iga Heinaizaemon no Jo Ienaga. A Bujinkanon belül a Kamayari és az ugró technikái miatt híres.